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Título: Marcadores moleculares para caracterização genética e genômica em espécies de Psidium
Autor(es): Sousa, Luara Lopes
Orientador: Ferreira, Marcia Flores da Silva
Coorientador: Paneto, Greiciane Gaburro
Ferreira, Adésio
Palavras-chave: Goiaba - Marcadores moleculares
Psidium guajava
Psidium L.
Guava - Molecular markers
Data do documento: 28-Fev-2019
Editor: Universidade Federal do Espírito Santo
Resumo: Marcador molecular pode ser um caracter visível ou um fenótipo molecular proveniente de um segmento específico de DNA, que pode ser expresso ou não. Os marcadores de DNA microssatélites e SNPs são os mais utilizados atualmente, possibilitam diferentes estudos de espécies vegetais por apresentarem vantagens como polimorfismo, abundância e robustez. Muitos desses são conservados, podendo ser estudados em espécies afins àquela para o qual foi desenvolvido. Esses marcadores são importantes no estudo de grupos pouco conhecidos, como as espécies do gênero Psidium L., as quais possuem importante papel ecológico e são de grande interesse econômico, entre as quais está a goiabeira (Psidium guajava). Neste trabalho objetivou-se desenvolver dois painéis de marcadores moleculares, um de SSR e outro de SNPs, que sejam polimórficos e estejam presentes em regiões conservadas para espécies de Psidium. Um painel multiplex, para caracterização interespecífica de 26 espécies do gênero, foi montado por marcadores microssatélites conservados e polimórficos. Os 15 SSR selecionados foram marcados com fluoróforos, testados em combinações e genotipados através de eletroforese capilar, enquanto os marcadores SNPs foram sequenciados por meio do método DArTseq. Para ambos marcadores foram feitas análises descritivas e agrupamentos, sendo um heatmap e agrupamento para os microssatélites e uma análise de coordenadas principais (PCoA) para os SNPs. Os marcadores microssatélites e SNPs selecionados apresentaram índices de diversidade úteis para estudos em P. guajava. Foi estabelecido um painel multiplex contendo sete marcadores microssatélites para genotipagem eficiente em genótipos de goiabeiras. Um total de 5.951 SNPs polimórficos em sequências conservadas foram selecionados para compor o painel em chip para espécies de Psidium. No geral, as duas metodologias foram eficientes e ambos os marcadores informativos e úteis para estudos intra e interespecíficos.
Molecular marker can be a visible character or molecular phenotype from a specific segment of DNA, which may or may not be expressed. The DNA markers microsatellites and SNPs are the most used nowadays, allowing different studies of plant species due to their advantages such as polymorphism, abundance and robustness. Many of these are conserved and can be studied in species related to the one for which it was developed. These markers are important in the study of little known groups, such as the species of the genus Psidium L., which have an important ecological role and are of great economic interest, among them guava (Psidium guajava). In this work we aimed to develop two panels of molecular markers, one of SSR and another of SNPs, which are polymorphic and present in conserved regions for Psidium species. A multiplex panel, for interspecific characterization of 26 species of the genus, was assembled by conserved and polymorphic microsatellite markers. The 15 SSRs selected were labeled with fluorophores, tested in combinations and genotyped by capillary electrophoresis, while the SNPs markers were sequenced by the DArTseq method. For both markers, descriptive analyzes and clusters were performed, being a heatmap and dendogram for the microsatellites and a main coordinate analysis (PCoA) for the SNPs. Selected microsatellite markers and SNPs presented diversity indexes useful for studies in P. guajava. A multiplex panel containing seven microsatellite markers was established for efficient genotyping in guava genotypes. A total of 5,951 polymorphic SNPs in conserved sequences were selected to compose the chip panel for Psidium species. In general, both methodologies were efficient and both markers informative and useful for intra and interspecific studies.
URI: http://repositorio.ufes.br/handle/10/11299
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